Maaginen tarina alkaa, kun Jaken rakastama isoisä jättää hänelle vihjeitä mystisestä paikasta, jossa yhdistyvät erilaiset maailmat ja ajanjaksot – paikka on Neiti Peregrinen koti eriskummallisille lapsille. Mutta tarinan mystiikka ja siellä piilevä vaara syvenee, kun Jake tutustuu paikan asukkaisiin ja heidän erikoisvoimiinsa… ja kohtaa heidän voimakastahtoisen vihollisensa.