Animehistorian suosituin naiskyborgi majuri Motoko Kusanagi on palannut! Hän jatkaa kohti tavoitettaan nujertaa rikollisuus missä ikinä sitä ilmeneekin – niin todellisessa kuin online-maailmassakin. Apunaan hänellä on Osasto 9:n upseerit ja aina valmiina olevat Tachikomat. Osasto 9 kutsutaan ratkaisemaan eräs murha ennen sen muuttumista kansainväliseksi selkkaukseksi, kukistamaan karannut huipputeknologinen tappokone sekä selvittämään viallisen androidin mysteeri. Suuri salajuoni ja siihen liittyvä salaperäinen tietokonehakkeri johdattavat heidät haastavimpaan ja vaarallisimpaan seikkailuun, jonka he ovat ikinä kohdanneet! Uskomattoman luova työryhmä, mukaan lukien Yoko Kanno (Cowboy Bebop), Kenji Kamiyama (BLOOD, Jin-Rohi) sekä Production I.G:n lahjakkaat työntekijät ovat liittyneet yhteen luodakseen vuosisadan uraauurtavimman anime sci-fi sarjan.