Tämä tarina kertoo Ponyosta, pienestä meren kalasta joka tekee kaikkensa toteuttaakseen unelmansa. Hän haluaa elää maalla Sosuke-nimisen pojan kanssa. Ponyo rantakalliolla sijoittaa Hans Christian Andersenin Pienen merenneidon tarinan nyky-Japaniin. Se on taru lapsuudesta, rakkaudesta ja merestä.