Boksitrollit ovat hirviöitä, jotka majailevat Juustingin kaupungin viehättävien katujen alla. He kiipeävät öisin viemäreistä viedäkseen mukanaan kaupungin lapset ja maukkaat juustot. Tähän legendaan kaupungin väki on ainakin aina uskonut. Todellisuudessa Boksitrollien yhteisö on täynnä rakastettavia kummajaisia, jotka kasvattavat hylättyä ihmispoikaa Egua kuin omaansa. Kun roistomainen tuholaistorjuja ottaa Boksitrollit silmätikukseen ja aikoo hävittää koko yhteisön, Egun täytyy uskaltautua ihmisten ilmoille pelastaakseen ainutlaatuisen perheensä. Maan pinnalla Egu toimii yhdessä seikkailuhenkisen nuoren tytön kanssa sekä Boksitrollien että koko Juustingin pelastamiseksi.