PlayStation® -pelin suosittua tarinaa jatkavassa anime-seikkailussa on kulunut kaksi vuotta Midgarin – saavutetun rauhan uhrausten muistomerkin – raunioitumisesta. Maailma kohtaa kuitenkin pian uuden uhan. Salaperäinen sairaus alkaa levitä nopeasti. Vanhat viholliset lähtevät liikkeelle. Sankariutta erakkoelämään paenneen Cloudin on astuttava taas esiin! Kaikki luulevat sotilaan kuolleen taistelussa, mutta hän palaakin rankaisemaan ihmisiä korruptoituneen yrityksen muunneltua hänen geenejään…