Augusten Burroughsin henkilökohtaisiin muistelmiin perustuva JUOKSEE SAKSIEN KANSSA on syntisen hauska, rohkea ja koskettava selviytymistarina mitä epätavallisimmasta lapsuudesta. Augustenin äiti (Annette Bening) on itseään pettävä, kunnianhimoinen, jakautuneesta persoonallisuudesta kärsivä runoilija, jonka avioliitto Augustenin isän (Alec Baldwin) kanssa on jo suistunut alas tuhon partaalta. Äidin terapeutti, eksentrinen tohtori Finch (Brian Cox) keksii kuitenkin ratkaisun perheen ongelmiin; Augusten (Joseph Cross) adoptoidaan Finchin omituistakin omituisemman perheen hoiviin. Herkässä 15 vuoden iässä vanhempiensa hylkäämä poika yrittää löytää itsensä tohtorin äidillistä tukea tarjoavan vaimon (Jill Clayburgh) hoivasta, heidän ylipingottuneen tyttärensä (Gwyneth Paltrow) hengittäessä niskaan. Pelastuksekseen Augusten löytää kuitenkin sukulaissielun perheen nuoremmasta tyttärestä Nataliesta (Evan rachel Wood), siitä toisesta vähemmän pidetystä tyttärestä. Selviytyäkseen jokaisesta päivästä kerrallaan Augusten alkaa kirjata elämänsä tapahtumia päiväkirjaansa ja huomaa pian välttelevänsä koulua ja oppivansa rakkauden saloja vanhemmalta mieheltä (Joseph Fiennes).