Men in Black 3 -elokuvassa agentit J (Will Smith) ja K (Tommy Lee Jones) palaavat. ajassa taaksepäin. J on nähnyt 15 Men in Black -vuotensa aikana selittämättömiä asioita, mutta edes avaruusoliot eivät hämmennä häntä yhtä paljon kuin hänen vaitelias mutta ironinen kumppaninsa. Kun K:n elämä ja koko planeetan kohtalo ovat vaakalaudalla, agentti J:n täytyy matkustaa ajassa taaksepäin saadakseen asiat oikeille raiteille. J saa selville maailmankaikkeuteen liittyviä salaisuuksia, joista K ei ole koskaan maininnut hänelle – salaisuuksia, jotka paljastuvat J:n lyöttäydyttyä yhteen nuoren agentti K:n (Josh Brolin) kanssa pelastaakseen työtoverinsa, virastonsa ja ihmiskunnan tulevaisuuden.