Barbie kertoo Peukalo-Liisan klassikkosadun modernissa versiossa. Peukalo-Lissa on pienenpieni tyttö, joka asuu Twillerbees -kansan taianomaisessa maailmassa, piilossa luonnonkukkien siimeksessä. Hemmotellun Makena -tytön saadessaan päähänsä riuhtaista maasta kimpun kukkia, joutuu Peukalo-Liisa ystävineen eroon kodistaan prameaan kaupunkiasuntoon. Siellä he saavat tietää rakennussuunnitelmista, jotka uhkaavat tuhota Twillerbees – kansan maan! Luonnon taikavoimat apunaan Peukalo-Liisa aikoo osoittaa, että pienimmälläkin ihmisellä voi olla suuri merkitys.