Ihmisten ja mutanttien välit ovat entistä vihamielisemmät. Vaikutusvaltainen armeijan leivissä työskentelevä agentti Stryker punoo juonia mutanttien pään menoksi ja presidentti joutuu salamurhaajan tulilinjalle. X-Menit saavat riveihinsä muutaman uuden jäsenen ja lähtevät taisteluun vapauden ja tasa-arvon puolesta. Vihollinen on kuitenkin vahvempi, kuin kukaan osasikaan arvata.